Juana fue alumna aventajada en comportamiento religioso, buenas maneras y manejo propios de la corte y, además, la danza y la música.
Decidió en enero de 1509 encerrarse en Tordesillas
El 6 de noviembre de 1479 Toledo acunó el nacimiento de la segunda de los cinco hijos que tuvieron los Reyes Católicos, Isabel I de Castilla y Fernando II de Aragón. Su infancia estuvo marcada por la buena formación, regida principalmente por la severidad, y que tanto su madre como sus maestros le aportaron. Así pues, educada por la humanista española, Beatriz Galindo, fue una de las princesas más instruidas de la Europa de la época. Durante su periodo de adolescencia Juana quiso encauzar su vida hacia el camino de la iglesia, pero debido a los objetivos que querían cumplir los padres con en torno a la política internacional, sus pretensiones de hacerse monja se disolvieron.
Fernando II de Aragón pretendía reforzar las relaciones con el Sacro Imperio Romano Germánico y fortalecer la política antifrancesa, por lo que el 21 de agosto de 1496, en Lille, tuvo lugar una boda concertada entre el archiduque Felipe de Austria, (más conocido como Felipe "El hermoso"), hijo de Maximiliano I y María de Borgoña, y Juana I. Así pues, la futura archiduquesa, marchó desde la playa de Laredo, Cantabria, en una de las carracas genovesas al mando del capitán Juan Pérez. Juana fue despedida por su madre y hermanos, y comenzó su rumbo hacia la desconocida tierra flamenca, lugar donde vivía Felipe "El hermoso".
Pese a algunos contratiempos en dicha travesía, los cuales le obligaron a refugiarse en Pórtland, Inglaterra, cuando pisaron tierra francesa, la joven no fue recibida por su prometido, ya que éste se encontraba en Alemania. El ambiente de la corte en el que se encontró Juana era completamente distinto al que en España. Acostumbrada a la sobria, religiosa y familiar corte castellana, se encontró con un escenario desinhibido e individualista que bien caracterizaban a la corte Borgoñona-Flamenca.
De este matrimonio, unido por una atracción mutua nada más verse, nacieron seis hijos: Leonor de Austria (1498), futura reina de Portugal (1518-1521) tras casarse con Manuel I "el Afortunado", y de Francia (1530-1547) al contraer matrimonio con Francisco I; Isabel de Austria (1501), quien habría de ser reina de Dinamarca desde 1515 hasta 1523, luego de desposarse con Cristián II; Fernando I de Habsburgo (1503), futuro sucesor de su hermano Carlos en el desempeño del Sacro Imperio desde 1558; María de Austria (1505), que, en 1522, accedería al reino de Hungría y, desde 1531 hasta 1555, sería gobernadora de los Países Bajos; y Catalina de Austria (1507), la cual pasaría a ser reina de Portugal en 1525 al casarse con Juan III "El Piadoso", pero, como es sabido, esto no fue el aliciente necesario para que Felipe "El hermoso" cambiara su actitud conquistadora basada principalmente en mantener relaciones sexuales con las damas de la corte.
Este hecho provocó que aparecieran sentimientos de celos, (hasta tal punto en el que empezó a convertirse en algo enfermizo), y enfrentamientos entre ambos esposos.
Tras el cuarto embarazo, Felipe de Austria marchó a Flandes ya que con tantos estados de gestación de su esposa dejó su gobierno algo desatendido; por lo que Juana, desobedeciendo las órdenes del padre acudió al lado de su marido.
Felipe partió para Flandes alegando cierto desgobierno en sus estados y Juana quedaba en Castilla. Pronto decidió acudir en compañía de su esposo, a pesar de su estado tras el parto, por lo que fue detenida por su madre. Desde ese momento se apuntó la enfermedad mental de Juana como un elemento a vigilar, por lo que los Reyes Católicos desearon que quedara a su lado.
Dejando a un lado la vida sentimental de Juana I y adentrándonos a lo que concierne a su herencia y reinado de Castilla y Aragón cabe citar que, a lo largo de toda su vida, obtuvo algunos títulos, tales como: primero se le concedió el de infanta de Castilla, luego archiduquesa de Austria, duquesa de Borgoña y Brabante y condesa de Flandes. Finalmente, Reina propietaria de Castilla y de León, de Galicia, de Granada, de Sevilla, de Murcia y Jaén, de Gibraltar, de las islas Canarias y de las indias occidentales (1504-1555) y de Aragón, de Navarra, de Nápoles y Sicilia (1516-1555), además de otros títulos como condesa de Barcelona y señora de Vizcaya, títulos heredados tras la muerte de sus padres. Pero vayamos a lo nuestro, tras la muerte de sus dos hermanos, Juan (1497) e Isabel (1498), Juana y su marido fueron reconocidos como herederos por las Cortes de Castilla y las de Aragón en 1502.
Nunca fue declarada por las Cortes castellanas incapaz ni se le retiró el título de reina
Antes de que su madre, Isabel I muriera, nombró a su hija heredera en su testamento, aunque especificó que en caso de ausencia o incapacidad administrase el reino Fernando II el Católico hasta la mayoría de edad de su nieto Carlos. Los motivos de esto son tanto las señales enfermizas que presentaba Juana I y las desconfianzas de las tendencias francesas de Felipe "el Hermoso".
Se agravó el problema de la sucesión de la corona de Castilla en torno a 1504, específicamente el 26 de noviembre, cuando Isabel la Católica falleció. Fernando tenía esperanzas de conservar el gobierno en nombre de su hija, pero la actitud de una parte de la nobleza castellana, que se acercó a Felipe, le obligó a retirarse a Aragón. Con ello se dio paso al breve reinado de Felipe en Castilla el cual desembocó en una grave tragedia, su muerte.
Juana, por su parte, enloqueció (de ahí el apodo de "La loca") y entre llantos y luto trasladaron el féretro desde Burgos a Granada. Viajando siempre de noche la reina no se separó de su marido en ningún momento. Este periodo de tiempo coincide con el nacimiento de su última hija, Catalina, en Torquemada. Por ello, ante el desequilibrio mental que padecía fue el padre quien se encargó, de nuevo y en nombre de su hija, de la regencia de Castilla.
El resto de sus días, que duró cuarenta y seis años, los pasó sin cambiarse de ropa, sin lavarse, por lo que decidió en enero de 1509 encerrarse en Tordesillas, un pueblo de Toledo, hasta su muerte el 12 de abril de 1555.
Pese a que nunca fue declarada por las Cortes castellanas incapaz ni se le retiró el título de reina, Juana no llegó nunca a suceder a su padre en la Corona aragonesa puesto que en 1516 éste murió.
A la muerte de Fernando el Católico, ejerció la regencia de Castilla el Cardenal Cisneros hasta que llegó de Flandes su nieto Carlos, quien tomó el título rey de Castilla y de Aragón. Pese a su cargo, fue su madre quien aparecía en los documentos oficiales.
Juana "La loca" murió con el cuerpo cubierto de llagas al negarse a ser lavada y cambiada de ropa. Pese a que todos sabían de su enfermedad mental no se le realizó ningún reconocimiento médico ni se llevó a cabo ningún programa de recuperación, tal y como hacían con la mayoría de otros enfermos mentales.